Из всех своих аналогов ("триады" Юго-Восточной Азии, итальянская мафия, американские гангстеры, российские "братки") японские якудза - пожалуй, самые организованные и законопослушные. Возможно, это связано с тем, что верховная власть в Японии всегда ставила своей задачей контроль над страной, часто закрывая глаза на способы, которыми достигался "мир и покой".
В ходе своего создания якудза приняли традиционную японскую иерархическую структуру оябун-кобун («oyabun-kobun»), где кобун («приёмный ребёнок») обязан выказывать лояльность по отношению к оябуну («Приёмный родитель»). В гораздо более позднем периоде был разработан кодекс «дзинги» («jingi», кодекс «справедливости и долга»), где было закреплено, что верность и уважение являются образом жизни.
Лидеры кланов якудза это, как правило, очень хитрые, жёсткие и интеллектуальные мужчины, т.к. чтобы подняться до высшего уровня в иерархии якудза, нужно быть весьма конкурентоспособным и бессовестным.
Кланы якудза возглавляет оябун или кумитё (kumichō, «глава семьи»), который отдаёт приказы своим подчинённым-кобун. В связи с этим организация якудза является своеобразной вариацией традиционных японских отношений сэмпай-кохай. Члены банд якудза переносят семейные отношения в кланы в том смысле, что относятся друг к другу, как к отцу или как к старшим/младшим братьям. В кланах якудза практически все члены это мужчины и женщин очень мало. Однако, если они есть, их принято называть «o-nee-san» («старшая сестра»).
Якудза имеют очень сложную структуру: существует самый главный босс синдиката – кумитё, сразу за которым идёт сайко комон («saiko komon», «старший консультант»), а за ним – со-хонбутё («so-honbucho», «начальник штаба»). На следующем уровне командования стоит вакагасира («wakagashira»), который управляет несколькими кланами в регионе, а непосредственно кланом при этом управляет сятэйгасира (shateigashira).

Создан в 1915 г. и является самой крупной семьёй якудза с численностью свыше 39000 членов, разделённых на 750 мелких кланов, которые составляют около 45% от всех якудза в Японии. Несмотря на полицейские гонения, длящиеся уже свыше 10 лет, Ямагути-гуми продолжает расти. Штаб-квартира семьи находится в Кобэ, откуда осуществляется руководство преступной деятельностью по всей Японии. Также семья участвует в операциях в Азии и США. Синобу Цукаса (Shinobu Tsukasa), также известный как Кэнъити Синода (Kenichi Shinoda), является нынешним главой («оябун») Ямагути-гуми. Он является приверженцем экспансионистской политики и увеличивает число операций в Токио (который традиционно не входил в территорию Ямагути-гуми).

Sumiyoshi-rengo (иногда называется как Sumiyoshi-kai)